Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Degli individui sconosciuti inseguono Gintoki senza dargli tregua. Sembra che il tuttofare abbia addosso qualcosa di molto prezioso di cui vogliono appropriarsi... Di che si tratta? Ma, soprattutto, cos'avrà combinato il nostro nei due anni in cui ha fatto perdere le sue tracce?