L'accademia Kamome è nel caos ora che Tsukasa e i suoi stanno prendendo di mira i Custodi del Tempo! Nene, che è in grado di distruggere gli yorishiro, è stata rapita da Tsukasa stesso, che si è intrufolato nell'area di dominio del primo dei sette misteri scolastici. Ad attenderli, però, sono proprio i tre Custodi! Ha finalmente inizio il processo dei Custodi del Tempo!