La drammatica battaglia che ha visto combattere il Fourth Children ha lasciato una profonda ferita nell'animo di Shinji. Qualcosa dentro di lui si è spezzato, portandolo a rigettare il suo ruolo di pilota. Ora che i segreti custoditi dalla Nerv iniziano a trapelare e i ricordi del passato si fanno più nitidi, Shinji avrà davvero chiuso con gli Eva?