Da Steins;Gate, un "midquel" che esplora la più importante tra le linee temporali alternative accennate nell'opera principale e introdotta anche nell'anime. In Steins;Gate, Rintaro Okabe e un gruppo di altri studenti scoprono involontariamente un metodo scientifico per modificare il passato e la storia, mettendo così in pericolo l'umanità. Il primo evento a essere influenzato da Rintaro è la morte di una ragazza, Kurisu: cosa sarebbe successo se però avesse fallito? In Steins;Gate Zero, il giovane deve affrontare le conseguenze di non essere riuscito a rimediare a questa tragedia, alla ricerca di un modo per poter mantenere in vita in qualche modo la memoria e le memorie di Kurisu... anche a costo di creare un'emulazione di lei? E perché un misterioso gruppo mascherato con armi da fuoco sembra aver preso di mira anche questa volta la ricerca di Rintaro?