Kei Nagai è uno studente delle superiori che un giorno finisce sotto le ruote di un camion, ma incredibilmente il suo corpo lacerato e senza vita si rianima, ricomponendosi integralmente... Il ragazzo scopre così di essere un ajin, ovvero un essere immortale. Il colpo di pistola contro Kaito ha scatenato il fenomeno "flood" e Nagai emette un'incredibile quantità di IBM, imitato subito dopo anche da Sato. La base di Iruma si riempie così di un numero infinito di spettri neri. Mentre all'interno della struttura si scatena il caos, il più grande studioso di ajin, il professor Ikuya Ogura, cerca di dirigersi sul posto. L'istante fatale che porterà al nucleo del mistero degli ajin sembra sempre più vicino...