Un finale alternativo rispetto a quello narrato in The End of Evangelion. Sono passati tre anni da quando Shinji Ikari impedì la realizzazione del Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo e ora il ragazzo deve affrontare uno dei cloni di Rei, responsabile del Network di ricerca e annientamento degli Angeli, improvvisamente entrato in modalità berserk...