È il 2009. Sono trascorsi cinque anni dalla morte di Elle ad opera di Light. Tramite il suo infiltrato nel SPK, un organo istituito dagli Stati Uniti d'America allo scopo di far fronte a Kira, Mello rapisce Sayu, la sorella di Light, per costringere Soichiro Yagami a consegnargli il Quaderno della Morte. Suo malgrado, il direttore generale della polizia si piega al ricatto, facendo cadere il Quaderno nelle mani di Mello. Ora Light deve sostenere una pesante sfida contro Mello, Near e un nuovo dio della morte...