Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del "piccolo detective" Conan Edogawa. Si apre una nuova sfida per il club dei Giovani Detective, indaffarato nella ricerca di un tesoro che pare sia nascosto nella casa abbandonata di un parente del professor Agasa. Qualcuno, però, è in agguato e aspetta solo che i ragazzini risolvano l'enigma. Conan si troverà poi a sfiorare un membro di quella misteriosa organizzazione di uomini in nero che sta cercando da tempo, ma proprio quando comincia a pedinare il losco individuo...