Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del "piccolo detective" Conan Edogawa. Si conclude la pericolosa "ricerca di funghi" dei Giovani Detective! Poi seguiremo Conan e Hattori in un'avventura su un'isola in cui risiede una vecchia ultracentenaria che ha la fama di essere immortale per avere mangiato carne di sirena, e dove, a causa di un sogno di eterna giovinezza, si verifica una drammatica serie di omicidi. Infine, una donna misteriosa fa visita a Kogoro facendogli girare la testa... ma la sua vera identità lascerà tutti di stucco.