Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del "piccolo detective" Conan Edogawa. La coppia di investigatori Sato e Takagi è nei guai. Il trafficante di droga che stavano scortando in treno da Osaka a Tokyo si uccide nel bagno della loro carrozza. In realtà, si tratta di un efferato omicidio e non di suicidio. Chi sarà mai l'assassino? Per mantenere il distintivo devono scoprirlo prima dell'arrivo a Tokyo ma, per caso e per fortuna, Conan, Kogoro e Ran sono sullo stesso treno. Seguono poi un'avventura mozzafiato con Kaito Kid nella Villa del Crepuscolo e un'altra nel laboratorio dove Ran ha iniziato a frequentare un corso di ceramica...