Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone. All'albergo in cui soggiornano Sera e Mary arriva un allarme bomba! Mentre i pensieri di varie persone si intrecciano, Conan cerca il colpevole insieme all'avvocato Kisaki. Sarà poi la volta di andare al mare assieme ai Detective Boys! Ad accompagnarli, Subaru Okiya e Rumi Wakasa, tra i quali si crea un'atmosfera tutt'altro che distesa...