Indagine privata sul luogo del delitto per l'investigatore Takagi e i detective boys! Shinichi è in crisi perché vede Ran comportarsi in modo strano, e teme la presenza di un rivale in amore, mentre il medico curante di Kogoro muore fulminato mentre fa il bagno... Infine, accade quello che Haibara ha sempre temuto e Shinichi sempre desiderato: le loro strade si incrociano di nuovo con quelle degli Uomini in Nero! A rischio della vita, i due amici cercheranno di evitare un omicidio e di recuperare i dati sulla sostanza che li ha resi bambini...