È crisi per la coppia di investigatori Sato e Takagi. Il trafficante di droga che stavano scortando in treno da Osaka a Tokyo si uccide nella toilette del treno. In realtà, si tratta di un efferato omicidio e non di suicidio. Chi sarà mai l'assassino? Per mantenere il distintivo devono scoprirlo prima dell'arrivo a Tokyo ma, per caso e per fortuna, Conan, Kogoro e Ran sono sullo stesso treno! Seguono un'avventura mozzafiato con Kaito kid e una alla scuola di ceramica che ha cominciato a frequentare Ran.