Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! Ran racconta un episodio relativo al suo primo incontro con Shinichi nella scuola materna Beika, ma la sua versione non collima con i ricordi del ragazzo. Il nostro detective occhialuto vuole vederci chiaro e cerca di far luce sul mistero mentre si accinge a chiudere altri casi rimasti in sospeso...