Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! Le cose si fanno sempre più difficili per il nostro investigatore occhialuto: entra infatti in scena un nuovo uomo in nero! In che rapporti sarà con Amuro e Akai, uniti a lui da un profondo legame che affonda le radici nel passato? Si concluderanno intanto i casi relativi all'omicidio al ristorante italiano, agli strani clienti di un locale di ramen e al delitto commesso durante le riprese di un film sugli zombie, che Conan cerca di risolvere insieme a Heiji!