Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! La verità sul contrasto tra l'agente dell'FBI Akai e Amuro della Pubblica Sicurezza, con le loro rispettive visioni della giustizia, viene finalmente a galla. Inoltre si assisterà a vari tentativi per avvicinarsi all'organizzazione degli uomini in nero, come quello incentrato sul rapporto tra Sera e sua sorella minore arrivata dall'estero. E come si evolverà l'amore tra Heiji e Kazuha?