Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! Conan e Heiji sono impegnati nel tentativo di sconfiggere il "nue", un mostro leggendario, mentre Kaito Kid affronta finalmente Okiya! Inoltre una donna di Kyoto metterà alla prova l'abilità di Heiji e degli altri, ed entrerà in scena un'insegnante un po' tonta che nasconde qualcosa...