Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! Il piccolo investigatore con gli occhiali stavolta dovrà vedersela con un assassino seriale che sceglie come vittime solo donne poliziotto. Cosa c'è dietro a una scelta tanto particolare? E mentre Heiji prende la decisione di dichiararsi e baciare Kazuha, i nostri eroi si troveranno a risolvere il caso di un gioiello preso di mira da Kaito Kid.