In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori Taiju è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Taiju e il suo amico Senku si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero! Si apre il sipario su un racconto di adventure survival science fiction. Sotto la guida di Senku e Ryusui, finalmente la nave costruita grazie all'impegno di tutti gli abitanti del regno della scienza è completata. Per avvicinarsi al segreto della pietrificazione e salvare il genere umano, Senku salpa per esplorare il mondo insieme a un equipaggio selezionato. La prima meta è una fantomatica isola del tesoro dove dorme un oggetto divino...