In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori Taiju è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Taiju e il suo amico Senku si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero. Coronato il sogno di diventare astronauta, Byakuya, il padre di Senku, parte per una missione in una stazione spaziale - e da lì si trova ad assistere, impotente, alla pietrificazione del genere umano. Riatterrato in anticipo sulla Terra assieme ai suoi compagni, di fronte al sorprendente scenario cui si trova innanzi, Byakuya non si perde d'animo, e decide di rimboccarsi le maniche per provare a ridonare un futuro all'umanità. Cos'avrà lasciato in eredità al figlio? Nel presente, i sicari dell'impero di Tsukasa attaccano Senku e i suoi. In piena emergenza, questi cominciano così a sviluppare un'arma fortissima per proteggere il villaggio: la "lama della scienza".