Shiki è cresciuto in mezzo ai robot senza mai incontrare alcun essere umano. È comprensibile che l'arrivo inatteso dell'avvenente "B-tuber" Rebecca scateni in lui gioia, curiosità e un turbine di emozioni. I due, accompagnati dal buffo gattino Happy, prenderanno il volo alla ricerca di avventure attraverso l'immensità dell'universo. Guidata dal Mother-ether, l'Edens Zero è approdata su Foresta. Il pianeta verde, a causa del Re Demone Ziggy, è stato completamente trasformato, tanto che gli esseri umani sono ora dominati dalle macchine! Non avendo altra scelta, Shiki e i suoi amici affrontano queste ultime, mentre il commando Beast di Poseidon Nero dà inizio alla sua missione, che comporta lo sterminio di tutte le macchine del pianeta. Nello stesso momento, anche Elsie e Justice, che le dà la caccia, arrivano su Foresta...