Gaea-Tima, grazie al forte legame stretto con Miyako, riesce ad avere la meglio nel nuovo scontro con Tsubagura, il kaiju manovrato da Hibari. La notizia si diffonde non solo a Sukuba, ma in tutto il Giappone. Anche Miki, l'amica di Miyako che si è trasferita a Tokyo dopo che la sua vita è stata sconvolta da quelle creature, lo viene a sapere. Come reagirà? Nel frattempo, di fronte ai membri del FUNE, che con l'aiuto della cooperativa dei pescatori erano usciti in mare per fare ricerche sul limo, compare un branco di kaiju somiglianti allo Yoboya che Gaea-Tima aveva sconfitto tempo prima...