Sulla pacifica isola di Tsushima vive un liceale di nome Gen, assieme alla madre e alla sorella malata. Tutto cambia completamente quando un giorno l'isola viene attaccata da creature apparse improvvisamente, che divorano ogni altra forma di vita e la assimilano, dando vita a grotteschi conglomerati di corpi. L'esercito non è in grado di contrastare la minaccia e Tsushima viene abbandonata e resa zona proibita. Sull'isola, Gen sopravvive assieme a pochi altri per un anno, ma in seguito a un incontro ravvicinato con la specie aliena finisce alla deriva in mare. Nel resto del mondo, unità speciali cercano di contenere la crisi, ma stanno lentamente avendo la peggio e sono sempre di più le zone del pianeta messe in quarantena. Se l'umanità non riuscirà a trovare una soluzione, potrebbe avere i giorni contati. In un momento di grande confusione, Gen decide di diventare un "gigantis", ottenendo una forza straordinaria con cui affrontare uno dei terribili mostri che stanno gettando l'umanità nella disperazione. Nel frattempo, delle IAS infestano l'interno dell'aeroporto, e Kusagae si accorge della connessione tra il calore e quelle spaventose creature...