Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai. Davanti alle intenzioni di Jirocho, sua figlia Pirako, Kada e Saigo, per Gintoki & Co. non resta che prendere una decisione: combattere contro i quattro grandi per difendere il luogo a loro più caro. Scoppia così una guerra totale che fa tremare l'intero quartiere! E per l'Agenzia Tuttofare arrivano i rinforzi!