Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... In seguito a un incidente stradale, Gin-san e Hijikata finiscono per scambiarsi i corpi, trovandosi così costretti a dirigere le rispettive organizzazioni con le sembianze l'uno dell'altro. Cos'avrà in serbo per loro il destino, finché non troveranno il modo di riacquistare il proprio aspetto originario? E che ne sarà dell'Agenzia Tuttofare e degli shinsengumi...?