Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Tatsuma Sakamoto della Kaientai è stato catturato dai pirati spaziali. Si tratta però di pirati particolari, di cui un tempo faceva parte anche Mutsu, la vice comandante della sua nave. Riemergeranno dal passato le sorprendenti circostanze in cui Sakamoto e Mutsu si sono conosciuti, mentre Kondo dovrà fare i conti con il mondo dei ladri e l'Agenzia Tuttofare sarà alle prese con un improvviso arresto del tempo.