Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Il gruppo di Takasugi, Kamui & Co., che trama di assassinare lo Shogun, attacca a sorpresa il villaggio dei ninja di Iga. Inizia così un'aspra battaglia contro i membri dell'Agenzia Tuttofare, la Shinsengumi, la popolazione locale e le spie dello Shogunato, che oppongono resistenza per difendere sua altezza. Dunque Gintoki e Takasugi, che un tempo combatterono insieme per una grande causa, incroceranno la spada?