Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Salito al trono, Nobunobu dà il via all'epurazione della fazione dell'ex Shogun. Il corpo di polizia della Shinsengumi viene sciolto, il direttore Kondo e il capo della questura Matsudaira vengono condannati alla decapitazione. Temendo che i suoi uomini entrino in azione, Kondo affida le sue ultime speranze a Gintoki, tuttavia...