Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Sul pianeta Rakuyo, diventato teatro degli scontri tra Harusame, Umibozu e il gruppo di Gintoki, si assiste al risveglio dell'uomo che tutti aspettavano. Scoppia inoltre una rissa tra Kamui e suo padre che farà luce su alcune passate vicende della loro famiglia, nonché sul primo incontro tra Umibozu e sua moglie.