Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Oboro si confessa: primo allievo di Shoyo e cofondatore della Shokason-juku, l'attuale capo della Naraku spiega le ragioni del suo allontanamento dal maestro e svela al mondo il terribile piano ordito da Utsuro per porre fine al proprio interminabile destino.