Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... L'Esercito di Liberazione fa incursione a Edo e gli abitanti della città, appoggiati dall'armata dell'ex Shogun, cercano di resistere con ogni mezzo alla sua poderosa avanzata. Dalla loro hanno anche il geniale inventore Gengai, pronto a sfoderare una speciale e innovativa "arma" di una potenza senza precedenti, e a un certo punto entra in scena nientemeno che il tuttofare Kin-chan.