Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... In risposta ai danni che il grande cannone di Gengai ha inflitto loro, gli Shinra prendono in ostaggio Otae e le altre ragazze e minacciano di ucciderle se lo scienziato non si farà vivo. Ben presto, a causa della condotta irriverente degli abitanti del quartiere, le cose precipitano, e così la loro pazienza... Ma proprio quando si sta per sfiorare la tragedia salta fuori "il guardiano di Kabukicho"...