A causa di un improvviso attacco di origini sconosciute, l'istituto Takahara è stato gravemente danneggiato. Nonostante l'emergenza, la direttrice, per nulla intenzionata a rinunciare al "trapianto di cervello", assale Tokio e il suo bambino. Lasciatisi alle spalle la Struttura di Ibaraki, Maru e Kiruko puntano alla prossima meta del loro viaggio a bordo della Kirukomaru 11. Sulla loro strada incontreranno ben presto nuovi pericoli, mentre i vari elementi della storia cominciano gradualmente a collegarsi tra loro...