In Giappone il tasso di comparsa di kaiju è tra i più alti al mondo, tanto che enormi creature portatrici di distruzione lo invadono quasi quotidianamente. Kafka Hibino, che ora lavora per un'impresa specializzata nello smaltimento delle carcasse dei kaiju, un tempo aspirava a diventare un membro delle Forze di Difesa, le unità speciali incaricate di sopprimere i mostri e difendere il Paese. Un giorno, però, un misterioso organismo si introduce nel corpo di Kafka, trasformandolo in quello che le Forze di Difesa battezzeranno col nome in codice di "Kaiju No.8"... Ha inizio la saga dell'uomo che divenne un kaiju. Kafka è finito nel mirino del Kaiju No. 9, ma non riesce a trasformarsi e si ritrova nei guai fino al collo! Fortunatamente, in suo soccorso accorre Kikoru, che affronta il potente avversario insieme a lui. E proprio quando Kafka finalmente capisce il motivo per cui non riesce ad assumere la forma del Kaiju No. 8, anche di fronte al comandante Narumi compare un Kaiju No. 9. Che sta succedendo?