Naruto ha sconfitto anche l'ultimo Pain, ma Nagato, il marionettista che stava dietro l'assalto al Villaggio della Foglia, è ancora vivo. Naruto riesce a rintracciarlo e decide di andare ad affrontarlo da solo. Prima di combattere, però, gli chiede di spiegargli le ragioni  della sua condotta, perché, come il proprio maestro Jiraiya, vuole trovare una soluzione non violenta per risolvere il conflitto. Nagato parla quindi del suo doloroso passato, che convince Naruto a scegliere la strada della compassione.