Il mondo è devastato dalle guerre combattute dagli extended, soldati il cui corpo è stato ibridato con armi biomeccaniche. Juzo Inui è un reduce tornato alla vita civile. Incapace di ricordare il proprio passato prima dell'operazione che lo ha reso un extended, vive ai margini della società occupandosi di crimini in cui sono coinvolti i suoi simili. Dopo aver sconfitto Gondry su mandato dell'EMS, Juzo scopre che il vero colpevole del massacro avvenuto dieci anni prima era un altro extended: Mega-armed Sai, il famoso "eroe salvatore della patria" che Gondry aveva tentato di uccidere. Mentre rischia di soccombere nello scontro con questo nuovo, feroce avversario, Juzo sente risvegliarsi la sua vera forza...