Il mondo è devastato dalle guerre combattute dagli extended, soldati il cui corpo è stato ibridato con armi biomeccaniche. Juzo Inui è un reduce tornato alla vita civile. Incapace di ricordare il proprio passato prima dell'operazione che lo ha reso un extended, vive ai margini della società occupandosi di crimini in cui sono coinvolti i suoi simili. Mentre Juzo sta andando a salvare i suoi amici, rapiti da un'organizzazione terroristica anti-tecnologia Extend, un uomo gli si para improvvisamente davanti: Victor Steinberg. Temuto come "il peggior nemico degli Extended", è il fratello scomparso senza lasciar traccia che Mary ha continuato nel tempo a cercare, nonché vecchio amico e tecnico personale di Juzo durante la grande guerra... Ora i loro destini tornano a intrecciarsi!